مستند «داستان یک پایان»، مروری بر تاریخ ۵۰ ساله گروهک منافقین است که سیر شکل‌گیری سازمان مجاهدین خلق و انشعاب آن در این مستند بررسی می‌شود. این مستند روایتی است از سرکردگی مسعود رجوی بر سازمان منافقین که در شش قسمت چگونگی این امر را از بدو تشکیل سازمان تا آخرین روزهای سرکردگی او را به تصویر می‌کشد.