انیمیشن «آقا مهدی خوب»، داستان دختر فقیری است که درد دل‌ها و مشکلات زندگی خود را به وسیله نامه‌ای به امام زمان (عج) که شناخت کودکانه‌ای از ایشان دارد، می‌نویسد. نامه‌های او به یک خواب و حل مشکلات خانواده‌اش منجر می‌شود.