ماجرای کتاب «طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن» به رمضان سال ۱۳۵۳ شمسی بازمی‌گردد. جلسات آیت الله خامنه‌ای در اسفند ۵۲ توسط ساواک تعطیل شد، پس از این تعطیلی وی در جلسات مختلفی به سخنرانی و تبلیغ می‌پرداخت. یکی از این محافل مسجد امام حسن مجتبی(ع) بود. این کتاب سلسله جلسات سیدعلی خامنه ای در ماه رمضان سال ۱۳۵۳ در مسجد امام حسن مجتبی(ع) است که در آن اصول و پایه‌های فکری اسلام، در خلال آیات قرآن مطرح شده‌است؛ که از شناخت این اصول، طرح کلی از دین به صورت یک ایدئولوژی کامل ارائه شده‌است. دوره پایِ درس خمینی مشهد تفسیر، تحلیل و تببین این کتاب است که توسط نخبگان حوزه علمیه و متناسب با وضعیت روز ارائه شده است.