سینمایی «پنگوئن های آقای پاپر»، در عصر حاضر، پوپر اکنون یک کارآفرین طلاق گرفته در زمینه املاک و مستغلات و پدر دو فرزند به نام های جانی و بیلی است. یک روز پس از بازگشت از کار به خانه، پوپر متوجه می شود که پدرش در جریان ماجراجویی در قطب جنوب مرده است و طبق وصیتش، "یادگاری" از ماجراجویی هایش در قطب جنوب برای او به جا گذاشته است. هفته بعد، جعبه ای حاوی یک پنگوئن جنتو، به نام کاپیتان، در خانه او ظاهر می شود. پوپر بلافاصله از پنگوئن عصبانی می شود و ....