مستند «تاریخ روابط اخوان المسلمین و ارتش مصر»، تاریخ پرفرازونشیب روابط اخوان و ارتش مصر از دوره جمال عبدالناصر تا امروز را مورد بررسی قرار می‌دهد. روابط اخوان‌المسلمین و ارتش مصر بسیار پرفرازونشیب بوده است. روزی اخوانی‌ها جمال عبدالناصر را در کودتایش همراهی کردند و البته خیلی زود ماه عسل آنان به اتمام رسید و روز دیگر رییس‌جمهور اخوانی ژنرال سیسی را به وزارت دفاع می‌گمارد و همو علیه مرسی کودتا می‌کند!