مستند «سازمان»، به بررسی بخشی از تاریخچه سازمان مجاهدین خلق، تاسیس، روند تغییر ایدئولوژی و ورود به فاز مسلحانه در سال ۱۳۶۰، جزئیات عملیات مهندسی و ترور‌های دهه ۶۰ می‌پردازد.پشت پرده ارتباط و پیوند ابوالحسن بنی‌صدر و سازمان مجاهدین خلق، از دیگر مباحث مهمی است که در مستند «سازمان» مورد بررسی و واکاوی قرار می‌گیرد.